Госсанэпиднадзор и центр санэпидэксперизы между собой взаимно работает на основании годового, месячных планов и графиков работы, которые утверждаются с двумя руководителями организаций. На сегодня работает областной центр санэпидэкспертизы с 7-ми лабораториями и филиалами города,районов с 4-мя лабораториями. После проведения анализов протокол исследования передается госсанэпиднадзорам, они в свою очередь составляют заключения. Развитие здравоохранения РК, областным Центром санэпидэкспертизы проводилась работа по модернизации современным оборудованием лабораторий в два этапа:
1-этап 2006 год - оснащение лабораторий современным оборудованием областного Центра санэпидэкспертизы, подготовка кадров, освоение новых методик.
П-этап 2007 год - оснащение лабораторий современным оборудованием районных уровней.
По модернизации лабораторий области приобретены 71 вид оборудования из 11 стран мира, из Республиканских трансфертов и областного бюджета на сумму 500 млн.тенге. Приобретенное оборудование значительно расширяет возможности областного центра по перечню выполняемых лабораторных исследований, проводимых каждой лабораторией Центра, позволяет проводить исследования на более современном уровне, значительно ускоряет проведение исследований воды, пищевых продуктов, воздуха, биологического материала и других объектов окружающей среды. Возможности приобретенных приборов позволяют расширить спектр определяемых ингредиентов, в том числе пестицидов, солей тяжелых металлов, радиоактивных элементов. Кроме того, чувствительность и специфичность методов исследований, проводимых на приобретенном оборудовании, значительно превышает специфичность и чувствительность ранее применяемых методов исследований, что позволяет повысить качество исследований. Областным Центром санэпидэкспертизы впервые внедрено на оборудовании - жидкостном хроматографе определение микотоксинов в пищевых продуктах, определение компонентов действующих веществ в пестицидах, сложных водорастворимых пестицидов, ранее не определяемых ни одним другим методом. На газовом хроматографе проводятся определения остаточного количества пестицидов в пищевых продуктах, на СТА-анализаторе в пищевых продуктах определяют автоматически наличие солей тяжелых металлов с выдачей сразу результата.
Паразитологическая лаборатория впервые в 2006 году внедрила на ИФА- аппарате исследования паразитарных заболеваний на эхинококкоз, на приборе вакуумной фильтрации воды «Сарториус» - исследование воды на наличие паразитарных болезней. На ПЦР- оборудовании впервые исследовали особо опасные инфекции в сыворотке больных на генетическом уровне.
За 10 месяцев 2008 года номенклатура исследований на уровне международного стандарта увеличилась на 11% по сравнению с прошлым годом. Лабораторией внедрено и освоено в работу 33 современных метода исследований на новейших оборудованиях и приборах.
По области уделяется большое внимание подготовке кадров. Состояние повышения квалификации специалистов составляет 80% по сравнению с 10 месяцами прошлого года. Прошли специализацию в текущем году по области 32 специалиста в г. Алматы. Лаборатории областного Центра и районные филиалы экспертизы аттестованы для выполнения достоверных исследований,а областной Центр санэпидэкспертизы прошел аккредитацию Международного стандарта в марте месяце 2008 года для проведения сертификационных исследований с объектов окружающей среды и с Национального центра получили свидетельство Аккредитации.